法院经审理认为，刘某与A公司签订的商品房买卖合同系双方当事人的真实意思表示，内容不违反法律及行政法规的强制性规定，合法有效。双方均应按照合同的约定全面履行自己的义务。

      关于A公司称其于2023年2月8日将原告办理产权登记所需资料告知房地产主管部门备案，经法院向济南市不动产登记中心调查，济南市不动产登记中心未收到上述材料。按照合同约定，A公司应于收房360日内前将办理权属登记需由出卖人提供的资料报产权登记机关备案，但因A公司原因未成功备案，致使刘某2023年6月9日才能办理涉案房屋房产证。《最高人民法院关于审理商品房买卖合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》第十四条规定：“由于出卖人的原因，买受人在下列期限届满未能取得不动产权属证书的，除当事人有特殊约定外，出卖人应当承担违约责任：（一）商品房买卖合同约定的办理房屋所有权登记的期限；（二）商品房买卖合同的标的物为尚未建成房屋的，自房屋交付使用之日起90日；（三）商品房买卖合同的标的物为已竣工房屋的，自合同订立之日起90日。合同没有约定违约金或者损失数额难以确定的，可以按照已付购房款总额，参照中国人民银行规定的金融机构计收逾期贷款利息的标准计算。”刘某要求A公司按照日万分之一的标准支付逾期办证违约金的主张未超过上述法律规定，法院予以支持。

      因A公司于2019年5月1日向刘某交付案涉商品房，故计算逾期办证违约金的起算点应自2019年5月2日后计算720日，即2021年4月21日为合同约定计算A公司应支付刘某逾期办证违约金的起算点。因刘某认可2023年6月9日即可办理权属登记，故违约金应计算至2023年6月9日。经核算，2021年4月21日至2023年6月9日，为680天，以购房款511623.92元为基数，按日万分之一的标准计算，最终法院依法判决A公司向刘某支付逾期办证违约金39906.6元。该判决现已生效。

      根据意思自治原则，商品房买卖合同当事人之间对买受人办理房屋产权证书期限有明确约定的，法院直接依据当事人的约定确定出卖人应承担的责任。A公司与刘某签订的《商品房买卖合同》中对逾期办证违约金进行了约定，《商品房买卖合同司法解释》第十四条规定逾期办证出卖人应承担违约责任，但需要注意的是逾期办证的原因需归责于开发商而非购房者才可适用该条。本案中，虽然被告提交了2023年2月8日向房地产主管部门备案的电子回执，但经法院调查不动产登记部门并未收到该备案材料，由此产生的后果不应由买方承担，故逾期办证违约金应计算至A公司实际向刘某送达授权委托书告知其可办理涉案房产证之日止。不动产登记是确认房屋权属，行使不动产权利的重要环节。逾期办证不仅影响了权利人对不动产的适用，更有可能带来权利纠纷或权利瑕疵。在房屋买卖的过程中，要将不动产登记事项作为一项重要事务予以关注。出现逾期的情况，要及时采取通知、催告等方式督促开发商履行办证或配合办证的义务，同时还可以主张相应的违约责任。